Sekcia zodpovedá za vývoj a prevádzku informačného systému ITMS2014+ v programovom období 2014-2020, ako aj prípravu informačného systému ITMS21+ pre programové obdobie 2021-2027 a za realizáciu platieb prijímateľom a ďalšie úlohy spojené s financovaním operačných programov, programov a finančných mechanizmov v pôsobnosti ministerstva.
Vývoj a prevádzka ITMS2014+ a príprava ITMS21+
ITMS2014+ slúži na evidovanie, spracovávanie a uchovávanie údajov o projektoch financovaných z eurofondov. V rámci agendy vývoja a prevádzky informačného systému ITMS2014+, sekcia vydáva usmernenia pre prácu so systémom ITMS2014+, zabezpečuje školiace aktivity pre používateľov neverejnej časti ITMS2014+, ako aj tvorbu príručiek a návodov pre prácu so systémom ITMS2014+ pre používateľov verejnej časti . V súvislosti s programovým obdobím 2021-2027 sekcia zabezpečuje prípravu informačného systému ITMS21+.
Financovanie programov
V programovom období 2014 – 2020 plní sekcia funkciu platobnej jednotky a zabezpečuje hlavne prevod prostriedkov prijímateľom operačných programov, cezhraničných programov a finančných mechanizmov v gescii ministerstva, spravuje bankové účty, zabezpečuje proces rozpočtu verejnej správy, účtuje o stave a pohybe pohľadávok, záväzkov a peňažných prostriedkov spojených s poskytovaním prostriedkov vo svojej vecnej pôsobnosti, vedie výkazníctvo a podieľa sa na finančnom vysporiadavaní nezrovnalostí a vratiek. Pre prijímateľov IROP a programov cezhraničnej spolupráce platobná jednotka zverejňuje informáciu o realizovaných platbách každý piatok. Zároveň platobná jednotka usmerňuje prijímateľov jednotlivých operačných programov v oblasti vrátenia výnosov z prostriedkov EÚ a štátneho rozpočtu na spolufinancovanie v zmysle zákona o rozpočtových pravidlách formou zverejnenia informácie, ktorá je pre prijímateľov IROP a programov cezhraničnej spolupráce, pre prijímateľov OPII a pre prijímateľov OPTP.
V programovom období 2021 – 2027 zabezpečuje sekcia funkciu riadiaceho orgánu v oblasti zabezpečenia prevodu prostriedkov prijímateľom.