Odbor metodiky a koordinácie subjektov zabezpečuje najmä:
- vypracovávanie a aktualizáciu systému riadenia fondov EÚ a vypracovávanie návrhov všeobecne záväzných právnych predpisov pre oblasť implementácie fondov EÚ,
- prípravu koncepčných materiálov súvisiacich so systémom riadenia fondov EÚ na rokovanie vlády,
- koordináciu zasadnutí pracovných skupín CKO zabezpečujúcich špecifické úlohy vo vybraných oblastiach systému riadenia fondov EÚ v pôsobnosti odboru,
- vypracúvanie analýz, podkladov a materiálov súvisiacich s činnosťou sekcie v oblastiach spadajúcich do kompetencie odboru,
- komunikáciu s orgánmi zapojenými do riadenia a kontroly fondov EÚ, koordinovaný postup subjektov v otázkach horizontálneho charakteru a výmenu informácií vo vzťahu k EK v predmetných oblastiach.
Odbor sa organizačne člení na 3 oddelenia – oddelenie metodiky, oddelenie koordinácie subjektov a oddelenie podporných činností.
