Sekcia inovácií, strategických investícií a analýz (HUB) sa organizačne člení na 2 odbory (odbor strategických investícií a nadnárodných programov, odbor inovácií a smart agendy) a samostatný tím analytikov. Zabezpečuje proces prípravy a koordinuje európske iniciatívy a finančné mechanizmy, najmä Fondu na spravodlivú transformáciu, iniciatívu pre dobiehajúce regióny tzv. Catching-Up Regions a Stratégiu výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu. Taktiež podporuje rozvoj a koordinuje aktivity v oblasti inovácií, inteligentnej špecializácie SR, vedy a výskumu, rozvíja koncept inteligentných miest a regiónov (Smart Cities and Smart Regions) na Slovensku a rozvíja projekty v oblasti inteligentnej mobility. V rámci sekcie pôsobí aj analytická jednotka MIRRI, ktorá zhromažďuje dáta, vypracováva analytické podklady a na ich základe navrhuje efektívne politiky a opatrenia.
Sekcia koordinuje, riadi a vykonáva činnosti aj v oblastiach:
- rozvoja inovácií a strategických investícií v pôsobnosti ministerstva a iných orgánov štátnej správy, s ohľadom na prípravu čerpania finančných prostriedkov z politiky súdržnosti v programovom období 2021-2027,
- spolupráce s inštitúciami a orgánmi Európskej únie, medzinárodnými organizáciami (OSN, OECD..) a medzinárodnými finančnými inštitúciami (World Bank, EIB..) v oblasti podpory investícií do inovačných politík, strategických projektov a ich implementácie,
- prípravy a implementácie európskych iniciatív a finančných mechanizmov spadajúcich do pôsobnosti sekcie – najmä Fondu spravodlivej transformácie, Catching-up Regions Initiative – za účelom zabezpečenia inteligentného, udržateľného a inkluzívneho rastu,
- agendy inteligentných miest a regiónov so zameraním na integrovaný a systémový prístup, strategické plánovanie a budovanie odborných kapacít v tejto oblasti, navrhuje a spolupracuje pri tvorbe nástrojov podpory smart agendy,
- prípravy, aktualizácie a implementácie Stratégie výskumu a inovácií pre inteligentnú špecializáciu SR (RIS3) ako základnej podmienky pre čerpanie finančných prostriedkov z Operačného programu Slovensko v rámci politického cieľa 1 Inteligentnejšia Európa vďaka inovácii, digitalizácii, hospodárskej transformácii a podpore malých a stredných podnikov,
- zhromažďovania dát, tvorby analytických podkladov a stanovísk, tvorby data-based opatrení a postupov, kontrolnej činnosti pri investíciách a investičných zámeroch v oblasti informatizácie, digitalizácie a regionálneho rozvoja.